تتولى الهيئة المهام الرئيسية التالية  :-

• الاشراف على اعداد التحريات والدراسات والتصاميم للسدود والخزانات .

• تنفيذ مشاريع السدود والسدات للسيطرة على المياه ودرء اخطار الفيضان وتوفير المياه لاغراض الزراعة وتوليد الطاقة الكهربائية وتنمية السياحة .

•  تنفيذ السدود الصغيرة وفي المواقع المختارة وحسب الحاجة أليها مؤكدين فيها(حصاد المياه).

• تنفيذ الاعمال التكميلية التي تستجد الحاجة اليها في المشاريع المنفذة وتحت التشغيل واعمــــــال الصيانة اللازمة لها .

 التشغيل اليومي للسدود والسدات المرتبطة بالهيئة وبألأستناد الى ايعازات التشغيل الصادرة من المركز الوطني لادارة الموارد المائية